Цистит, как мужской, так и женский, является инфекционно - воспалительным процессом в слизистой оболочке мочевого пузыря. Однако, страдают от него, в основном представительницы слабого пола. По статистике, примерно каждая третья женщина в своей жизни отмечала эпизоды мочеиспускания, сопровождающиеся болезненными ощущениями. А у каждой десятой можно найти признаки хронического цистита. Это неудивительно, поскольку такие факторы женского организма, как анатомия, физиология и гормональный состав отличаются от мужских. Обычно признаки цистита у женщин наблюдаются в возрасте 25-30 лет, но и по наступлению менопаузы они также могут проявиться. 

В ряде исследований было обнаружено сходство бактериальных культур из зоны интроитуса и микрофлоры мочи. Если принять во внимание, что мочевой пузырь инфицируется в основном восходящим путем, то основным фактором цистита у женщин является наличие патогенной микрофлоры в наружном отверстии мочеиспускательного канала и преддверии влагалища. Но даже в таких условиях здоровые женщины защищены антибактериальными механизмами слизистой оболочки места входа полового члена и влагалища. А снижение этой защиты приводит к возможности взаимодействия патогенных микроорганизмов со здоровыми тканями с помощью активной адгезии (то есть, прилипания). 

В структурах бактерий, отвечающих за свойство прилипания, присутствуют полисахаридные нити с большим содержанием белка. Их называют фимбриями, и они протянуты от бактерии, а их структура настроена на взаимодействие с соответствующим рецептором, что и позволяет бактерии избирательно прилипать только к определенным клеткам. Самым распространенным видом уропатогенной бактерии является кишечная палочка E.Coli. 

В секрете влагалища присутствует антитела, противодействующие бактериям и их прилипанию. Сюда входят, в частности, секреторный IgA шейки матки, низкий pH (3.8-4.2), что объясняется результатом ферментации гликогена до уровня молочной кислоты. В этом антагонистическом процессе воздействия на патогенный организмы также принимает участие  сапрофитная влагалищная микрофлора (Lactobacillusspp.) При нарушении этих механизмов повышается вероятность прилипания бактерий и распространения во влагалище кишечной микрофлоры. Другим фактором, приводящим к «заселению» уропатогенами слизистой оболочки, является повышение числа клеток эпителия влагалища и в периуретральной зоне. Атрофические явления в слизистой влагалища, интроитусе и мочеиспускательном канале приводят к значительному снижению возможностей антибактериальной защиты. Вдобавок ко всему, к снижению защитных свойств мочеполовой системы присоединяется еще и фоновые заболевания в виде, например, гипотиреоза и сахарного диабета. 

Все эти факторы могут вызвать снижение защитных функций слизистых оболочек и привести к бактериальной колонизации влагалища, интроитуса и мочеиспускательного канала и созданию условий для образования очага инфекции прямо у наружного отверстия уретры, а частенько, и в отдаленных местах.

Еще одной причиной цистита является инфравезикальная обструкция, нарушающая уродинамику нижних мочевых путей.  Она может быть органической или функциональной. Первая из них есть следствие врожденного или приобретенного сужения наружного отверстия мочеиспускательного канала. За функциональную форму обструкции отвечает детрузорно-сфинктерная диссенергия в результате гипертонуса сфинктерного аппарата. Если возникает внутрипузырное нарушение оттока мочи, то происходит повышение давления в уретре с возникновением турбулентного гидродинамического течения мочи, которое в норме должно быть ламинарным. Появляется так называемый рефлюкс (обратный поток мочи), в результате которого бактерии могут переместиться выше по направлению, то есть, в мочевой пузырь. 

Половая жизнь играет также определенную роль в развитии цистита. У многих пациенток начало этого заболевания совпадает со временем начала сексуальной активности. 
У женщин в стадии менопаузы развитие цистита может быть связано с недостаточным уровнем эстрогенов (половых гормонов), в результате чего развиваются атрофические явления в эпителии влагалища, низкая колонизация лактобактериями, увеличение pH, колонизация патогенными микроорганизмами, опущение стенок влагалища, неврологические расстройства. Обострение болевых ощущений и дизурии при менструациях, климаксе и менопаузе только подтверждают участие в этом процессе эндокринной системы. Замечено, что перед менструацией за несколько дней возникает обильное отшелушивание эпителия, которое достигает максимума за сутки или 1,5 суток до менструации.